Chủ cảng, bến có như cầu gia hạn hoạt động cảng, bến thủy nội địa nộp hồ sơ đến cơ quan có thẩm quyền sau:

- Bộ Giao thông vận tải: gia hạn đối với cảng thủy nội địa tiếp nhận phương tiện thủy nước ngoài;

-  Cục Đường thủy nội địa Việt Nam: gia hạn đối với cảng thủy nội địa trên đường thủy nội địa quốc gia, đường thủy nội địa chuyên dùng nối với đường thủy nội địa quốc gia, cảng thủy nội địa có vùng nước, vùng đất vừa trên đường thủy nội địa quốc gia vừa trên đường thủy nội địa địa phương, cảng thủy nội địa trong vùng nước cảng biển nối với đường thủy nội địa quốc gia trừ trường hợp thuộc thẩm quyền của Bộ Giao thông vận tải và các trường hợp khác do Bộ Giao thông vận tải quyết định;

-  Sở Giao thông vận tải: gia hạn đối với cảng thủy nội địa trên đường thủy nội địa địa phương, đường thủy nội địa chuyên dùng nối với đường thủy nội địa địa phương, cảng thủy nội địa trong vùng nước cảng biển nối với đường thủy nội địa địa phương và bến thủy nội địa trên địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương trừ trường hợp thuộc thẩm quyền của Bộ Giao thông vận tải và các trường hợp khác do Bộ Giao thông vận tải quyết định.

- Ủy ban nhân dân thành phố, thị xã, quận huyện được Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh phân cấp: gia hạn bến khách ngang sông, bến thủy nội địa phục vụ thi công công trình chính trên địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương.