Căn cứ vào quy mô xả nước thải của Công ty, Công ty lập hồ sơ và nộp tại: - Tổng cục Thủy lợi thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có trách nhiệm tiếp nhận, thẩm định và quản lý hồ sơ, giấy phép xả nước thải vào công trình thủy lợi thuộc thẩm quyền cấp phép của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.- Chi cục Thủy lợi thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có trách nhiệm tiếp nhận, thẩm định và quản lý hồ sơ, giấy phép xả nước thải vào công trình thủy lợi thuộc thẩm quyền cấp phép của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh.